Se denomina endosimbiosis a la asociación en la cual un organismo habita en el interior de otro organismo. Etimológicamente el término podría usarse para designar a cualquier proceso de simbiosis en el cual el simbionte que residiera en el interior del cuerpo de otro ser vivo, aunque también pueda usarse el término endosomático (p.ej. simbionte endosomático). Éste es el caso, por ejemplo, de muchas de las bacterias que forman parte de la microbiota intestinal.
En 1971 Lynn Margulis propuso la teoría de la Endosimbiosis seriada, que explica la aparición de la célula eucariótica por asimilación simbiótica de varias bacterias con habilidades diferenciadas. Es así, como igualmente este término también suele emplearse para explicar el proceso por el cual las células procariotas evolucionaron hacia eucariotas, adquiriendo sus organelos
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